ETA 的申請流程本身不複雜，但卡關的原因每次都差不多。以下是實際上最常發生的幾項。
1. 在網站上找申請入口
ETA 只能用官方 App。網站上找不到送出的地方是正常的，不是網站故障。這一點與 eVisitor 完全相反。
2. 姓名拼寫與護照不一致
這是最常見的一項。使用 App 讀取晶片可以大幅避免，但若有手動修改的欄位，請逐字對照護照上的英文拼寫。
3. 用了之後要換發的護照申請
簽證與護照綁定。核發後換了新護照，原本的簽證就不能用於新護照，必須重新申請。
4. 出發前一兩天才辦
多數申請雖然在 minutes to a few days 內有結果，但需要人工審核時就來不及了。行程確定後就先辦。
5. 人在澳洲境內時申請。申請與核發時都必須人在境外，這是簽證條件，不是系統限制。
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